Predsednik SRJ Vojislav Koštunica ukazom je penzionisao načelnika Generalštaba VJ generala Nebojšu Pavkovića, a za zastupnika načelnika postavio je general-potpukovnika Branka Krgu. Nebojša Pavković nije prihvatio tu odluku, ocenjujući je kao nelegitimnu, pa je podneo žalbu Saveznom ustavnom sudu, koji je žalbu jednoglasno odbio. Predsednik Koštunica je smenu Pavkovića najavio još na sednici VSO održanoj 25. marta. Smenu je obrazložio potrebom da budu napravljene kadrovske promene, kao i time što se Pavković distancirao od postupaka šefa Službe vojne bezbednosti Ace Tomića izjavivši da nije bio obavešten o hapšenju potpredsednika srpske vlade Momčila Perišića i američkog diplomate (afera „Perišić“).
Nebojša Pavković je od oktobra 2000. godine predsedniku Koštunici tri puta ponudio svoju ostavku. On je tu ostavku odbijao, smatrajući da bi to moglo destabilizovati Vojsku i državu, iako su postojali jaki pritisci čelnika DOS i zapadnih krugova da general Pavković bude smenjen (Nakon afere „Perišić“, jedan od uslova za pristupanje SRJ programu „Partnerstvo za mir“ bila je smena generala Pavkovića i načelnika Službe vojne bezbednosti Ace Tomića). Naime, general Pavković je obavljao funkciju načelnika Generalštaba i u vreme vladavine bivšeg jugoslovenskog predsednika Slobodana Miloševića i bio je jedan od glavnih oslonaca njegove vlasti. Optuživan je za političke zloupotrebe Vojske u tom periodu, odnosno za to da su pod njenim okriljem činjeni ratni zločini na Kosovu 1999. godine. Smatralo se da je od demokratskih promena 2000. godine nastojao da dokaže svoju lojalnost novim vlastima i predsedniku Koštunici u nadi da će se na taj način „oprati“ optužbi.
Nakon što je donet ukaz o njegovoj smeni, general Pavković je optužio predsednika Koštunicu da mu je u noći između 4. i 5. juna 2001. godine naredio vojni upad u vladin Biro za komunikacije, odnosno da se složio sa takvim zahtevom svojih savetnika Ljiljane Nedeljković i Gradimira Nalića, kao i generala Ace Tomića. Predsednik Koštunica je negirao to da je dao naredbe za upad, ali je izrazio sumnju da je bilo prisluškivanja. Pošto u Saveznoj skupštini nije postignuta saglasnost oko formiranja anketnog odbora koji bi ceo ovaj slučaj istražio, republička Skupština obrazovala je svoj anketni odbor. Međutim, druga aktuelna politička dešavanja potisnula su ovu aferu u drugi plan.
