Vrhovni savet odbrane usvojio je odluku po kojoj Generalštab Vojske Srbije i Crne Gore postaje organizaciona jedinica Ministarstva odbrane Državne zajednice. Odluka o novoj „organizaciji nadležnosti Ministarstva odbrane“ bila je ključna u reformi Vojske Srbije i Crne Gore. Ovom odlukom su svi zaposleni u Vojsci Srbije i Crne Gore postali službenici Ministarstva odbrane, a Generalštab je prešao pod kontrolu Ministarstva, koje je podeljeno u pet sektora i dve uprave. Prvi sektor, pod nazivom Sektor vojni, u svom sastavu ima Generalštab, dok su elitna specijalna antiteroristička jedinica „Kobre“ i Kontrolni organ Vojske – glavni inspektorat – stavljeni pod direktnu kontrolu ministra odbrane. Drugi sektor je trebalo da se bavi  „upravljanjem  ljudskim resursima”, čime je ujedno ukinuta i dotadašnja Uprava za moral Vojske. Trećeformirani sektor bio je namenjen odbrambenim pripremama, a četvrti je bio Sektor za logistiku, posredstvom kog se odvijaju sve javne nabavke u okviru Vojske, a koje su, prema saznanjima Ministarstva odbrane, bile predmet raznih zloupotreba. Peti je bio Sektor za obaveštajno-bezbednosne poslove, u okviru kog je trebalo da bude formirana Vojna obaveštajna agencija. Pored Sektora, planirano je i formiranje  dve uprave – Uprave za međunarodnu vojnu saradnju i integracije i Uprave za politiku odbrane.