Pod kontrolnom i nadzornom ulogom nezavisnih državnih institucija podrazumevamo kontrolu i nadzor koju nad radom državnih organa sektora bezbednosti vrše nezavisne državne institucije – Zaštitnik građana, Poverenik za informacije od javnog značaja i zaštitu podataka o ličnosti, Državna revizorska institucija i Agencija za borbu protiv korupcije. Kriterijumi na osnovu kojih su ove institucije definisane kao nezavisne jeste taj što ih kao nezavisne određuju zakonska akta kojima je regulisano njihovo uspostavljanje, funkcije i nadležnosti, što njihove glavne organe bira Parlament i što su one za svoj rad odgovorne Parlamentu kome podnose i izveštaje o svom radu. Takođe, samo stalne institucije su podvedene pod ovaj kriterijum, dok smo iz posmatranja isključili institucije koje država može osnivati na ad hoc bazi. Institucije koje smo uključili u ovaj kriterijum su ustavnim i zakonskim normama ovlašćene da sprovode, nadziru i pomažu sprovođenje zakona kojima se reguliše opšta i finansijska transparentnost sektora bezbednosti i zaštita ljudskih prava. Ove institucije su ustavom i / ili zakonima ovlašćene da kontrolišu i nadziru zakonitost rada državnih organa sektora bezbednosti, poštovanje ljudskih prava u njihovom radu, trošenje budžeta i da nadziru i omogućavaju ostvarivanje prava na slobodan pristup informacijama od javnog značaja i zaštitu podataka o ličnosti.
Osnivanje ovih institucija i njihove nadležnosti u državnoj upravi predstavljaju jednu od tranzicionih novina u postkomunističkim sistemima koja se uvodi sa namerom da se poveća transparentnost i odgovornost aparata državne uprave u ovim društvima. Kontrola koju sprovode nezavisne državne institucije je jedan od ključnih elemenata demokratske kontrole državnih aktera u sektoru bezbednosti i ne može biti razdvojena od transparentnosti (opšte i finansijske). Uzimajući u obzir činjenicu da institucije sektora bezbednosti rade u napetosti između zahteva za transparentnošću rada državne uprave i određenog stepena tajnosti pod kojim ove institucije rade, veoma je važno uvideti da li i u kom obliku nezavisne institucije mogu imati uvid u rad sektora bezbednosti i da li i u okviru tog sektora mogu vršiti svoje nadležnosti.
Prilikom pokušaja procene učinka nezavisnih institucija kao aktera sektora bezbednosti potrebno je sagledati i kako zakoni koji uređuju njihovo uspostavljanje i nadležnosti regulišu odnose između nezavisnih institucija i Parlamenta, a naročito kako su uređene procedure za smenu nosilaca glavnih funkcija ovih institucija kao i kako Parlament postupa na osnovu njihovih izveštaja. Odnos grana vlasti, a naročito izvršne, prema nezavisnim institucijama može biti ocenjen u skladu sa resursima koji su im dodeljeni, ljudskim i materijalnim, i podršci sprovođenju nalaza i preporuka ovih institucija što upućuje na to da li nezavisne institucije imaju političku podršku za vršenje svojih nadležnosti. Takođe, važno je i ispitati da li postoje slučajevi političkog pritiska na ove institucije U okviru komponente „Vrednosti“ posmatramo kako javnost i akteri sektora bezbednosti prepoznaju rad ovih institucija i kako opažaju njihovu ulogu u sektoru bezbednosti.