U noći između 14. i 15. marta, pripadnici Službe vojne bezbednosti uhapsili su potpredsednika srpske Vlade zaduženog za bezbednost i predsednika Odbora za bezbednost Skupštine SRJ Momčila Perišića i američkog diplomatu (Prvi sekretar u ambasadi SAD u Beogradu) i obaveštajca (pripadnik CIA) Džona Dejvida Nejbora. Oni su privedeni u trenutku kada je Momčilo Perišić u restoranu motela „Šarić“, nadomak Beograda, Nejboru predavao određena vojna dokumenta. Američki diplomata je nakon 15 sati pušten iz pritvora, a Sjedinjene Američke Države su povodom tog hapšenja uložile oštar protest jugoslovenskim vlastima. Tom prilikom su, kao jedan od preduslova potpune normalizacije odnosa SAD i SRJ i uspostavljanja vojne saradnje dve zemlje, zahtevali da vojne strukture budu stavljene pod potpunu civilnu kontrolu. Momčilo Perišić je, na zahtev srpskog premijera Zorana Đinđića, 19. marta podneo ostavku na mesto potpredsednika srpske Vlade. Vojno tužilaštvo je 30. septembra protiv njega podiglo optužnicu za krivično delo špijunaže, ali je 24. decembra, nakon što se Perišić pozvao na imunitet saveznog poslanika, tu optužnicu odbacilo.

Afera „Perišić“postepeno je pretvarana u aferu „Tomić“. Od predsednika SRJ Vojislava Koštunice traženo je da sa mesta šefa vojne bezbednosti smeni generala Acu Tomića, ali je on to odbio, pohvalivši vojnu službu bezbednosti za presecanje špijunaže.